Ifølge Barents Observer er Nielsen den første norske journalisten på listen, som blant annet omfatter flere norske politikere.
Nilsen ble onsdag stanset på grensen da han var på vei til Murmansk sammen med det danske parlamentets utenrikskomité.
Han fikk ikke noen utfyllende begrunnelse for hvorfor, men i en pressemelding forklarer nå den russiske ambassaden i Oslo saken.
"Dessverre, må vi nå vende tilbake til spørsmålet om sanksjonslister. Vi minner igjen om at to "stopp-lister" laget av Russland er et svar på Norges tilknytning til EUs personale sanksjonsliste", skriver ambassaden og viser til at Norge i 2014 sluttet seg til sanksjonene EU innførte som en reaksjon på russisk innblanding i Ukraina.
– Vi har gjentatte ganger advart mot bruk av sanksjoner, for dette redskapet er tveegget og vil uunngåelig slå tilbake mot en som innleder dem, heter det i pressemeldingen som fortsetter:
– Forresten, på grunn av sanksjoner blir også russiske journalister stilt overfor restriksjoner i forhold til arbeid og innreise i europeiske land, står det.
The Independent Barents Observer er liten nettavis med to ansatte som spesialiserer seg på å lage nyhetsjournalistikk fra Barentsområdet og Russland. Avisen publiserer saker både på russisk og engelsk.
Tidligere i år ble det kjent at SVs Bård Vegar Solhjell og Venstre-leder Trine Skei Grande står på Russlands sanksjonsliste. Listen ble overlevert til Utenriksdepartementet i november i fjor, men navnene på den er ikke offentlig kjent.
Utenriksdepartementet vil ta opp innreiseforbudet som er ilagt redaktør Thomas Nielsen med russiske myndigheter.
Redaktøren i The Independent Barents Observer ble nektet innreise til Russland onsdag denne uken etter å ha blitt plassert på en liste over personer som er uønsket i Russland.
Utenriksdepartementet reagerer på utestengelsen og vil ta den opp med russiske myndigheter.
– Det er beklagelig at redaktør Thomas Nilsen er nektet innreise til Russland. Vi mener at det både er i norsk og russisk interesse at det i størst mulig grad legges til rette for grenseoverskridende samarbeid i nordområdene. God mediedekning og kunnskap om forholdene i de andre landene i Barentsregionen spiller her en viktig rolle, sier Frode Overland Andersen, pressetalsmann i Utenriksdepartementet, til NTB.
Russlands ambassade i Oslo bekreftet fredag at årsaken til at Nilsen, som første norske journalist, er plassert på listen, er at Norge i 2014 sluttet seg til EU-sanksjonene mot landet.
– Fra norsk side mener vi det er både urimelig og uberettiget å bruke EUs restriktive tiltak som grunnlag for å nekte norske statsborgere innreise i Russland. Dette er flere ganger tydelig kommunisert til russiske myndigheter. Vi vil også ta opp innreiseforbudet for redaktør Thomas Nilsen i vår kontakt med russiske myndigheter, sier Frode Overland Andersen.
